国税の納付はダイレクト納付(口座引落)にした方がよいです。パソコン操作だけで納付できます。銀行窓口に行って納付するのは意外に時間を消費します。納付は何度も行わないといけないので積み重なると結構な時間になります。
地方税は納付書を使わざるを得ない(口座引落できない)ことが多いです。自治体によって対応しているところ対応していないところがあるからです。早くすべての自治体に口座引落への対応をしてもらいたいです。
私が会計事務所に勤めはじめた頃は税金の納付は税理士が納付書を書いて、お客様に渡して、お客様が銀行窓口に行って納付する、というのが常識でした(少なくとも私の勤める事務所ではそうでした)。
ここ2から3年でダイレクト納付が普及してきました。私もここ2から3年で納付書を書いて渡す仕事を減らしてきました。お客様は銀行に行かなくて済む、会計事務所は納付書を書かなくて済む、お互いに得をする制度です。さらに、納付書だとお客様が納付したかどうかをお客様に聞かなくてはわかりませんが、ダイレクト納付だとe-taxホームページから確認できます。安心ですし、お客様に電話する手間がいらないですし、お客様も電話を受ける手間がいりません。